Nhà thờ Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan ở thôn Bùng (xã Phùng Xá, huyện Thạch Thất, Hà Nội), được xây dựng sau khi ông mất, đến năm 1907 thì được tu sửa tôn tạo. Đây là nơi Phùng Khắc Khoan được sinh ra và lớn lên. Năm Tân Hợi (1551), Phùng Khắc Khoan cho sửa sang ngôi nhà này thành học đường và đặt tên là "Hoàng đạo thư đường". Trong nhà thờ còn lưu giữ được nhiều di vật quý, có niên đại từ thế kỷ XVI đến thế kỷ XIX, gồm 11 sắc phong từ thời Cảnh Hưng (1740 - 1786) đến thời Thiệu Trị (1841 - 1847), 3 bức tranh lụa truyền thần chân dung Phùng Khắc Khoan, 2 chiếc gây cắm sừng hươu là kỷ vật của Trạng Bùng, bia "Nhị nôm khoán bi", dựng năm 1897 chép tục lệ hai thôn Phùng Xá và Vĩnh Lộc ra phục dịch các kỳ tiệc ở nhà thờ, một số câu đối, hoành phi nội dung ca ngợi Trạng Bùng, đặc biệt là còn 4 cuốn sách chữ Hán: Cuốn thứ nhất gồm những bài thơ của Phùng Khắc Khoan, cuốn thứ hai ghi tiểu sử Phùng Khắc Khoan và bài thơ Nôm Đào nguyên hành, cuốn thứ ba chép các điều khoản con cháu Phùng Khắc Khoan được miễn giảm lệ, cuốn thứ thư ghi sự kiện Phùng Khắc Khoan đi sứ nhà Minh. Ông có nhiều công lao với làng Bùng và vùng lân cận. Trong hai lần đi sứ ông đã mang giống ngô, đậu (đỗ) về cho dân trồng, Truyền dạy cho dân nghề dệt vải lượt, dạy dân làng Vĩnh Lộc làm cày bừa; chỉ bảo cách khai mương tiêu nước trên đồng ruộng, Ông còn làm thơ phổ biến kiến thức nông học cho dân: giới thiệu về côn trùng, cây cỏ, thời tiết...Chính vì thế, Phùng Khắc Khoan được dân tôn vinh là Trạng Bùng, là Thành hoàng làng, là tổ nghề dệt vải lượt và làm cày bừa. Vào ngày giỗ Trạng 24-9 (âm lịch), dân làng dâng lễ vật cúng Thành hoàng, trong đó có hai món không thể thiếu đó là cháo đậu và cà muối mà sinh thời ông rất thích