Huyện Phú Xuyên đang chú trọng vào việc tái đàn và mở rộng quy mô chăn nuôi, với tình hình chăn nuôi ổn định và không có dịch bệnh. Phú Xuyên cũng đã triển khai một số mô hình nông nghiệp ứng dụng công nghệ và đảm bảo an toàn thực phẩm, như chăn nuôi gà đẻ trứng và lợn theo công nghệ chuồng kín. Trong thời gian tới, huyện sẽ tiếp tục chuyển dịch cơ cấu cây trồng, vật nuôi, xây dựng mô hình sản xuất nông nghiệp tập trung và phát triển chuỗi giá trị liên kết giữa hộ nông dân, doanh nghiệp, và thị trường.