Không chỉ là nơi phụng thờ các bậc Tiên thánh của đạo Nho, Văn Miếu còn là một trường học của hoàng gia và tầng lớp quý tộc, việc lập Văn Miếu có 2 điều khác thường để lại những thông điệp cần ý. Thứ nhất, Văn Miếu xây dựng để thờ Khổng Tử, một vạn tuế sư biểu (người thầy muôn năm). Trong bối cảnh thời Lý (1070) đạo Phật còn giữ ưu thế mà sử sách đã ghi lại "trong nước chỗ nào cũng có chùa chiền, nhân dân quá nửa là sư sãi", điều này cho thấy: Nho giáo đã dần được coi trọng, đạo Khổng đã có chỗ đứng trong tư duy của người Việt. Đây cũng có thể xem là một thông điệp về tiến trình phát triển của văn hóa - giáo dục thời Lý. Thứ hai, vì sao khi lập Văn Miếu, nhà vua lại cho đắp tượng Chu Công? Lịch sử ghi lại, Chu Công tên là Đán, nổi tiếng về sự trung thành tận tụy phò giúp "ấu chúa" nhà Chu (Trung Quốc) giữ ngai vàng. Có lẽ thời điểm đó, nhà vua biết rõ hơn ai hết, thời gian mình trị vì đất nước không còn được dài lâu nữa nên đã gửi thông điệp tới bề tôi rằng: Hãy nhiếp chính cho con nhỏ của ta được kế vị ngai vàng an toàn như Chu Công! Người nào làm được như thế sẽ được trọng vọng như ta tạc tượng Chu Công thờ ở Văn Miếu.Hai điều đặc biệt trên là thông điệp nhân văn mang ý nghĩa sâu sắc của Lý Thánh Tông - vị vua đã mở ra kỷ nguyên phát triển thịnh vượng của vương triều Lý nước Đại Việt và nền văn hóa Thăng Long